Изначально Яндекс сделал фильтр АГС для отсеивания спамных и некачественных сайтов. Т. е. Чтобы вывести сайт из под фильтра, необходимо играть по правилам Яндекса, а именно соблюдать некую последовательность действий:

1. Написать письмо в техподдержку Яндекса, почему, мол, мои сайт выпал из индексации. Оттуда Вам должен придти ответ. Он может быть шаблонизированный или же применительно к Вашему сайту.

2. Начать Выполнять инструкции Яндекса, если это что-то специфичное, или же просто выполнить некоторые действия:
Удаление неуникального контента или же его уникализация.
Максимальное закрытие от индексации внешних ссылок
Удаление рекламы на сайте
Маскировка или удаление реферальных ссылок
Закрытие от индексации архивов, системных ресурсов, дублирующего контента, не предназначенного для пользователя
Возможно, частичная или полная смена дизайна
Регулярное обновление контента
3. Повторное письмо в техподдержку Яндекса с просьбой перепроверить сайт, т. к. теперь он соответствует требованиям. Возможна в письме просьба о ручной проверке сайта.
4. Ожидание результатов. По идее, эти нехитрые изменения должны принести плоды, и сайт через какое-то время выйдет из под АГС.